Esta región mantienen el flujo genético entre las poblaciones de la Península de Yucatán, el Golfo de México y Centroamérica.
Zonas clave en la conservación del jaguar:
Los Chimalapas, en Oaxaca: sus selvas altas, medianas y bosques de niebla casi intactos funcionan como un «embudo» natural que permite el paso de los grandes felinos desde el Istmo hacia el sur.
Selva El Ocote, Chiapas, es la continuación natural de Los Chimalapas del lado chiapaneco. Sus cavernas, cañadas profundas y selvas ofrecen refugio, presas abundantes y aislamiento.
Montes Azules , Lacan-Tun y Chan-Kin, en Chiapas, posee inmensas selvas donde el jaguar puede cazar. 
En La Sepultura, La Frailescana y El Triunfo, en Chiapas, los jaguares se mueven desde las selvas secas hasta los bosques de niebla en las partes altas de la Sierra Madre de Chiapas. 
En la Región Chinantla, en Oaxaca, los jaguares son protegidos través de extensas redes de Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación #ADVC, que conectan el Golfo de México con el centro y sur del estado, permitiendo que poblaciones de felinos puedan moverse libremente. 
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